Nel pianeta post-bomba abitato dalle scimmie intelligenti esiste una "zona proibita" sotterranea dove vivono gli esseri umani superstiti più o meno affetti da mutazioni che venerano come un dio l'ultima bomba atomica inesplosa. L'astronauta Taylor, protagonista del primo film, si trova in questa zona quando arriva Brent, un altro astronauta mandato in suo soccorso. Un generale scimmia decide di "ripulire" la zona proibita e ne nasce una guerra che si concluderà con l'esplosione dell'ultima bomba e la distruzione del pianeta Terra.