Figlio di Baldovino V di Hainaut e di Margherita d'Alsazia, Enrico di Fiandra nacque a Valenciennes, nel nord della Francia, intorno al 1174.
Dal 1201 partecipò alla quarta crociata e nel 1204 fu fra gli assedianti di Costantinopoli.
Nella primavera del 1205 venne nominato reggente dell'Impero Latino d'Oriente in nome di suo fratello Baldovino I che era stato fatto prigioniero dallo zar di Bulgaria Kalojan. Nel luglio dello stesso anno giunse la notizia della morte di Baldovino I e il 20 agosto Enrico fu incoronato imperatore.
Durante il suo regno Enrico di Fiandra continuò a lottare contro i Bulgari e contro Teodoro I Lascaris dell'impero di Nicea.
Morì a Salonicco l'11 giugno 1216, forse avvelenato dalla seconda moglie.
Enrico si sposò due volte, la prima con Agnese del Monferrato dalla quale ebbe un figlio di cui non conosciamo il nome, la seconda con Maria di Bulgaria, sua presunta avvelenatrice.