Figlio di Eustachio I conte di Boulogne e di Matilde di Lovanio nacque in Lorena intorno al 1020, la madre discendeva dal re Luigi IV d'Oltremare.
Nel 1036 sposò Goda figlia di Etelredo II re d'Inghilterra ricevendo in dote alcuni feudi inglesi che gli consentirono di avviare commerci regolare tra Francia e Inghilterra.
Nel 1049 morì il padre e Eustachio ereditò il titolo di conte di Boulogne, nello stesso anno morì anche Goda e nel 1057 Eustachio si risposò con Ida di Boulogne dalla quale ebbe tre figli: Eustachio che sarà suo successore, Goffredo (Goffredo di Buglione) che sarà il primo a governare il Regno latino di Gerusalemme, e Baldovino che succederà a Goffredo sul trono di Gerusalemme.
Nel 1066 Eustachio II combattè nell'esercito di Guglielmo il Conquistatore e prese parte alla battaglia di Hastings. Più tardi i suoi rapporti con Guglielmo di guastarono a causa di contrasti fra Eustachio e Oddone di Bayeux, reggente d'Inghilterra in assenza di Guglielmo, e Eustachio venne temporaneamente privato dei suoi feudi inglesi che in seguito recuperò.
Morì nel 1088, il primogenito Eustachio gli subentrò nel titolo di conte.