Figlia di Joscelin II di Courtenay conte di Edessa e di sua moglie Beatrice, nacque nella contea paterna nel 1136.
Nel 1144 i Courtenay, che possedevano la contea dal 1118, dovettero lasciare Edessa a causa della conquista araba e rifugiarono nella fortezza di Tilbesar che era quanto rimaneva del loro feudo.
Nel 1149 Agnese sposò Rainaldo di Marash che poco dopo fu ucciso in battaglia, nello stesso anno Joscelin II fu catturato, accecato ed incarcerato ad Aleppo dove rimase fino alla morte avvenuta nel 1159.
Beatrice cedette Tilbesar ai Bizantini e si ritirò con i suoi figli in un suo possedimento nel principato di Antiochia. Se ne perdono le tracce fino al 1157 quando Agnese sposò Amalrico conte di Giaffa e Ascalona.
Quando nel 1162, dopo la morte della madre Melisenda, Amalrico stava per ereditare il trono, l'alta corte di Gerusalemme gli impose il divorzio da Agnese, considerata politicamente ininfluente in quanto la sua casata aveva in precedenza perduto i suoi possedimenti. Il pretesto formale per l'annullamento del matrimonio fu una presunta consanguineità fra i coniugi, ma Amalrico ottenne il riconoscimento della legittimità dei figli Baldovino e Sibilla.
Agnese fu allontanata dalla corte e nel 1167 Amalrico sposò Maria Comnena, nipote dell'imperatore Manuele I Comneno.
Agnese si risposò nel 1163 con Ugo di Ibelin che morì nel 1169. Nel 1170 si sposò ancora con Reginaldo di Sidone acquisendo il titolo di Contessa di Sidone.
Nel 1174 Amalrico I morì e Agnese recuperò la sua influenza a corte riavvicinando il filio Baldovino dal quale aveva vissuto fino ad allora lontana. In seguito lo accompagnò sempre, anche nelle spedizioni militari, e lo assistette quando la lebbra lo rese cieco e invalido.
Nel 1176 ottenne da Baldovino e dal reggente Raimondo III di Tripoli il permesso di prelevare un'ingente somma dal tesore reale per riscattare il fratello Joscelin III prigioniero dei Musulmani.
Nel 1180, ottenutane la facoltà dal figlio, Agnese nominò Eraclio patriarca latino di Gerusalemme destituendo Guglielmo di Tiro che le era ostile.
Agnese si occupò anche di trovare un nuovo marito per Sibilla che nel 1177 era rimasta vedova di Guglielmo di Monferrato. Si candidò il nobile Baldovino di Ibelin ma fu fatto prigioniero dai Musulmani, Agnese negoziò quindi senza successo con Ugo III di Borgogna e infine Sibilla sposò Guido di Lusignano il quale nel 1182 fu nominato reggente da Baldovino IV, incarico che fu presto revocato per manifesta inettitudine.
Agnese morì ad Acri nel 1184, pochi mesi prima del figlio Baldovino IV.