Nobile bizantina appartenente alla dinastia dei Comneni, nipote dell'imperatore Manuele I, nacque intorno al 1154.
Il 29 agosto 1167 sposò Amalrico I re di Gerusalemme; il matrimonio era frutto di lunghi negoziati per consolidare i rapporti fra il regno latino di Gerusalemme e l'impero.
Amalrico e Maria ebbero una figlia di nome Isabella nata nel 1172 e quando Amalrico morì nel 1174 Maria si ritirò a Nablus, feudo che aveva ricevuto come dono matrimoniale.
Nel 1177 Maria si risposò con Baliano di Ibelin dal quale ebbe quattro figli: Helvis, Giovanni, Margherita e Filippo.
Nel 1183 la figlia Isabella sposò Umfredo IV di Toron, matrimonio combinato da Baldovino IV che era in contrasto con la famiglia degli Ibelin.
Quando nel luglio 1187 Saladino distrusse l'esercito crociato nella battaglia di Hattin, fece scortare a Tiro Maria Comnena insieme ai figli, ad alcuni parenti, ai suoi servitori e ai preziosi che aveva con se.
A Tiro Corrado di Monferrato comandava la resistenza di quel che restava del regno crociato e cercava di legittimare le sue aspirazioni alla corona. Maria e Baliano lo appoggiarono contro Guido di Lusignano, da tutti ritenuto responsabile della disfatta di Hattin, e si arrivò all'annullamento del matrimonio di Isabella, erede di Amalrico, per farle sposare Corrado.
L'ultima notizia su Maria Comnena risale al 1208, quando condusse i negoziati per il matrimonio fra sua nipote Alice, figlia di Isabella, e Ugo I di Cipro.