Figlia di Filippo di Svevia e di Irene Angelo, Cunegonda nacque nel 1200.
Nel 1224 sposò Venceslao I il quale alla morte del padre Ottocaro I nel 1230 divenne re di Boemia.
Cunegonda e Venceslao ebbero quattro figli: Vladislao, Beatrice, Ottocaro e Agnese. Vladislao era il primogenito ma morì prima del padre ed il regno fu ereditato da Ottocaro II.
Cunegonda morì il 13 settembre 1248 e Venceslao non abbe altre mogli.