Teologo e filosofo, detto a volte Egidio Colonna per una presunta parentela con la famiglia romana dei Colonna ma sembra che si tratti di una notizia infondata.
Nacque quasi sicuramente a Roma intorno al 1245, entrò nell'Ordine degli Agostiniani in giovane età e studiò a Parigi dove forse fu allievo di Tommaso d'Aquino.
Intorno al 1270 iniziò la sua attività di insegnamento per la quale compose i commenti di molte opere di Aristotele.
Nel 1277 alcune sue posizioni furono censurate da Etienne Tempier vescovo di Parigi nell'ambito di un procedimento che coinvolse anche Tommaso d'Aquino, molto probabilmente le ragioni della condanna esulavano dalle opinioni teologiche ma erano da ricercare anche nel clima di gelosia e polemiche che sussisteva tra i docenti della facoltà di teologia.
Dopo la condanna Egidio tornò in Italia e nel 1281 si trovava a Padova. Aveva già composto il Re Regimine Principum per il giovane Filippo (Filippo IV il Bello) del quale era stato precettore.
Negli anni successivi si occupò di attività interne all'Ordine acquisendo grande autorità e svolgendo incarichi di prestigio e responsabilità.
Nel 1285 si rivolse al nuovo papa Onorio IV grazie alla cui mediazione potè tornare all'insegnamento. La carriera di Egidio decollò con Bonifacio VIII che nel 1294 lo nominò arcivescovo di Bourges.
Fra Egidio e Bonifacio correva un rapporto di amicizia nato precedentemente alla nomina papale del secondo, rapporto che perdurò anche in seguito e che fece di Egidio uno dei collaboratori più fidati del papa. Insieme all'allievo Giovanni da Viterbo, Egidio collaborò alla stesura dell'enciclica di Bonifacio VIII Unam Sanctam del novembre 1302 con la quale il papa affermava perentoriamente la superiorità del potere spirituale su quello temporale. L'enciclica che conteneva concetti già esposti da Egidio in precedenti trattati voleva chiudere, secondo il pensiero del papa, lo scontro sempre più grave tra Francia e Chiesa sul tema della supremazia.
I rapporti di Egidio con la Chiesa di Roma risultarono in conflitto con la sua carica di arcivescovo di Bourges e sembra che il teologo non sia più tornato in Francia almeno fino al 1304.
Morti Bonifacio VIII e il suo successore Benedetto XI che regnò solo per pochi mesi, salì al soglio pontificio Clemente V (Bertrand de Got) con il quale il prestigio di Egidio Romano tramontò rapidamente.
Egidio partecipò al concilio di Vienna (ottobre 1311 - maggio 1312) pronunciandosi a favore della soppressione dell'Ordine dei Templari e al processo contro le dottrine di Pietro Olivi delle quali stilò l'elenco degli articoli errati.
Morì ad Avignone il 22 dicembre 1316 e fu sepolto secondo la sua volontà nel convento agostiniano di Parigi.