Figlia dell'imperatore Giuseppe I d'Asburgo e di Guglielmina Amalia di Brunswick-Luneburg, nacque a Vienna l'8 dicembre 1699.
Come primogenita dell'imperatore ebbe dalla nascita il titolo di arciduchessa d'Austria, i suoi diritti ereditari al titolo imperiale furono invece annullati a favore della cugine Maria Teresa tramite la Prammatica Sanzione emanata nel 1713 dallo zio Carlo VI.
Nel 1719 Maria Giuseppa sposò Federico Augusto II elettore di Sassonia e si trasferì con il marito nel castello di Dresda.
Nel 1733 Federico Augusto fu nominato re della Confederazione polacco-lituana e Maria Giuseppa fu incoronata nel 1734 regina consorte. Fra il 1740 e il 1742 rivendicò per il marito i diritti sul trono austriaco ma senza successo.
Morì a Dresda il 17 novembre 1757.
Ebbe numerosi figli fra i quali raggiunsero l'età adulta Federico Cristiano, successore del padre come elettore di Sassonia, Maria Amalia di Sassonia, Maria Anna Sofia di Sassonia, Francesco Saverio di Sassonia, Maria Giuseppa di Sassonia, Carlo di Sassonia, Maria Cristina di Sassonia, Alberto di Sassonia, Clemente Venceslao di Sassonia, Maria Cunegonda di Sassonia.