Figlio di Giovanni Colonna, fratello di Giacomo detto Sciarra e nipote del cardinale Giacomo Colonna, nacque a Roma nel 1260.
Intraprese la carriera ecclesiastica e giunse alla porpora cardinalizia nel 1288 sotto papa Niccolò IV che lo nominò diacono di S. Eustachio.
Reagendo al "Manifesto di Lunghezza" con il quale il cardinale Giacomo Colonna e gli Spirituali avevano dichiarato nulla la sua elezione, Bonifacio VIII nel 1297 depose Giacomo e Pietro Colonna costringendoli a fuggire in Francia presso Filippo IV.
Le persecuzioni di Bonifacio ai danni dei Colonna e di tutti i suoi avversari continuarono finché nel 1303 il re di Francia ordinò il suo arresto. Il papa riuscì a tornare a Roma ma morì pochi giorni dopo.
Pietro Colonna fu restaurato al rango cardinalizio nel 1306 da Clemente V che negli anni seguenti trasferì in Francia la sede pontificia.
Pietro morì a Avignone il 14 agosto 1326. Per sua volontà fu fondato a Roma nel 1339 l'Ospedale di San Giacomo in Augusta detto degli Incurabili.