Isabella Clara Eugenia d'Asburgo, figlia di Filippo II re di Spagna e di Elisabetta di Valois, nacque a Segovia il 12 agosto 1566.
Elisabetta di Valois, terza moglie di Filippo II, morì nel 1568 a causa di un aborto, nello stesso anno spirò Don Carlos, unico figlio maschio di Filippo.
Per assicurare agli Asburgo un erede alla corona di Spagna, Filippo II si risposò nel 1570 con Anna d'Austria la quale curò la crescita e l'educazione di Isabella Clara e della sorellina Caterina Michela.
Sembra che il rapporto di Filippo con le figlie sia stato particolarmente affettuoso e quello con Isabella si fece esclusivo quando Caterina sposò Carlo Emanuele I di Savoia.
Isabella Clara fu fidanzata a Rodolfo figlio dell'imperatore Massimiliano II, poi con Ernesto fratello di Rodolfo ma infine sposò un terzo fratello, Alberto d'Austria, ottenendo il titolo di arciduchessa d'Austria.
La dote di Isabella Clara era costituita dai Paesi Bassi che Filippo II le lasciava con la condizione che se fosse morta senza eredi le sarebbe subentrato il fratello Filippo III.
Alberto d'Austria e Isabella governarono serenamente i Paesi Bassi che uscivano da lunghi anni di guerre e ribellioni. Alla morte di Alberto, nel 1621, Isabella i cui tre figli erano tutti morti durante l'infanzia, si fece suora e assunse il governo in nome del nipote Filippo IV figlio di Filippo III.
Morì nel 1633 e fu sostituita nel governo dei Paesi Bassi da Ferdinando Cardinale infante di Spagna, figlio di Filippo III.