Iacopo Carucci ebbe il soprannome di Pontormo dal borgo di Pontorme, presso Empoli, nel quale nacque il 24 maggio 1494. Suo padre Bartolomeo Carucci era un pittore allievo del Ghirlandaio. Rimasto orfano di entrambi i genitori all'età di dieci anni, fu affidato alla nonna materna. A tredici anni si stabilì a Firenze dove divenne allievo di Andrea del Sarto insieme a Rosso Fiorentino. A diciannove anni partecipò alle decorazioni dell'arco di ingresso della Basilica della Ss. Annunziata.
Intorno al 1515 si recò a Roma dove ammirò la volta della Cappella Sistina e le Stanze di Raffaello, opere che influenzarono profondamente il suo stile giovanile.
Dal 1519 lavorò nella Villa Medici di Poggio a Caiano.
A causa della peste nel 1522 lasciò Firenze per stabilirsi nella Certosa del Galluzzo i cui frati gli commissionarono diversi lavori. A questo periodo appartiene la Cena in Emmaus, tela realizzata per il refettorio della Certosa.
Dal 1526 al 1528 lavorò con la collaborazione del suo allievo Bronzino alla Cappella Capponi della chiesa di Santa Felicita (Annunciazione, Trasporto di Cristo al sepolcro).
Le sue opere degli anni trenta come i Diecimila martiri e la Madonna col Bambino e San Giovannino mostrano la ricerca del pittore sulle opere di Michelangelo che egli intendeva eguagliare e superare, ambizione che gli procurò non poche delusioni.
L'ultimo decennio della sua vita (1546-1556) fu dedicato alle decorazioni del coro della Chiesa di San Lorenzo a Firenze ma quegli affreschi andarono distrutti nel XVIII secolo in occasione del rifacimento del coro.
Pontormo morì a Firenze il 1 gennaio 1557 e fu sepolto nella cappella di San Luca nella Basilica della Ss. Annunziata.