Nel 1540, dopo aver represso la ribellione dei Baglioni, il papa Paolo III ordinò la distruzione del borgo di Perugia che essi avevano abitato. Furono abattuti centinaia di edifici ed al loro posto fu costruita una fortezza detta Rocca Paolina dal nome del pontefice.
Progettata da Antonio da Sangallo il Giovane e realizzata tra il 1540 e il 1543, la Rocca era costituita dal Palazzo Papale, dal "corridore", un lungo corridoio coperto che terminava nella "tenaglia", un struttura fortificata che si apriva sulla campagna.
L'antica Porta Marzia di origine etrusca rimase incastonata nelle mura di cinta della Rocca, mentre gli edifici medioevali che non furono distrutti vennero coperti e inglobati nei sotterranei.
Nel 1848 la rocca subì una prima fase di demolizioni e nel 1861 le sue tre parti cessarono di esistere. Rimasero soltanto i sotterranei interrati e dimenticati mentre in superficie sorgevano nuove costruzioni.
Nel 1932 iniziarono i lavori di recupero che si protrassero fino al 1965 rendendo agibili i sotterranei che oggi sono visitabili ed attrezzati con un percorso di scale mobili.