John Winthrop nacque a Suffolk, in Inghilterra il 12 gennaio 1587, figlio di Adam Winthrop e di Anne Browne, studiò legge e divenne avvocato.
Profondamente religioso, aderì alla fede dei Puritani i quali, convinti che Dio stesse per punire l'Inghilterra per i suoi peccati, intendevano trasferirsi nel Nuovo Mondo in cerca di salvezza. Fattosi promotore di questa aspirazione, Winthrop concluse l'accordo di Cambridge del 4 marzo 1629 con il quale otteneva il benestare di Carlo I alla partenza sua e del suo gruppo e l'impegno da parte della Compagnia del Massachussets a trasportarli alla prima occasione.
Nella primavera del 1630, Winthrop con dodici navi e settecento persone raggiunse il Massachussets e fu eletto governatore della colonia, carica che ricoprì ininterrottamente fino al 1648.
Non fu un puritano radicale e come governatore cercò di minimizzare il numero delle condanne a morte per eresia, non di meno presiedette famosi processi come quello contro Anne Hutchinson che venne cacciata dalla colonia per comportamento immorale.
Nei suoi discorsi sosteneva che l'emigrazione in America dei Puritani fosse opera della volontò divina per creare una comunità spirituale scevra dal peccato nella quale i più ricchi ed i più forti dovevano aiutare i poveri ed i deboli, tuttavia questi ideali non si riflettevano nella sua politica e nel suo pensiero fortemente antidemocratici.
Dalla sua prima moglie, Mary Forth, sposata nel 1605 e morta nel 1615 ebbe sei figli. Nel 1615 sposò Thomasine Clopton che morì l'anno successivo. Dalla terza moglie, Margaret Tyndali, sposata nel 1618 ebbe altri sei figli.
Margaret morì nel 1647 e Winthrop si sposò per la quarta volta con Martha Rainsborough, dalla quale ebbe l'ultimo figlio, John Winthrop, che fu governatore del Connecticut.
Winthrop compose un diario (Journal) che fu pubblicato con il titolo di Storia della Nuova Inghilterra nel quale racconta l'epopea dei coloni con toni fortemente drammatici derivanti dalla sua concezione religiosa: la natura è vista come una forza ostile che è necessario domare con durissimo lavoro mentre gli indigeni sono considerati emissari del demonio.
Morì di morte naturale nel 1649.