Figlio di Eustachio II e di Ida di Boulogne, fratello di Goffredo di Buglione e di Baldovino I di Gerusalemme, nacque in Lorena intorno al 1056.
Sembra che ancora bambino accompagnasse il padre al seguito di Guglielmo il Conquistatore nella campagna in Inghilterra.
Il padre morì nel 1088 e Eustachio III ereditò il titolo di conte di Boulogne ed i feudi inglesi che Eustachio II aveva ricevuto da Guglielmo il Conquistatore.
Negli anni successivi supportò Roberto II Cosciacorta duca di Normandia contro i tentativi di invasione di Guglielmo II il Rosso re di Inghilterra.
Negli anni 1096 e 1097 partecipò con i fratelli alla prima crociata collaborando all'assedio di Nicea, a quello di Antiochia e alla presa di Gerusalemme. Tornato in patria sposò nel 1101 Maria di Scozia sorella del re di Scozia Edgardo, dalla quale ebbe l'unica figlia Matilde di Boulogne.
Nello stesso anno partecipò al tentativo di Roberto II Cosciacorta di invadere l'Inghilterra, tentativo che non ebbe successo e si risolse sul piano diplomatico.
Nel 1118 rifiutò il trono di Gerusalemme che gli veniva proposto a seguito della morte del fratello Baldovino e nel 1125 abdicò in favore della figlia Matilde che nel frattempo aveva sposato Stefano di Blois, nipote di Guglielmo il Conquistatore e futuro re d'Inghilterra.
Fattosi monaco morì dopo pochi mesi a Rumilly.