Figlio naturale di Alfonso II e di Trogia Gazzela, nacque intorno al 1481.
Ancora adolescente fu coinvolto nelle vicende degli Aragonesi di Napoli. Durante l'occupazione francese, nel 1495 il padre abdicò in favore del figlio Ferdinando II e morì in Sicilia. Alfonso partecipò alle iniziative dei sostenitori del fratellastro Fedinando. Questi riprese il potere nel luglio 1495 ma morì circa un anno dopo lasciando il trono allo zio Federico secondo il quale affidò nel 1497 a Alfonso la luogotenenza generale in Abruzzo.
Federico era interessato all'alleanza con la Chiesa per consolidare il potere vacillante degli Aragonesi, il suo approccio incontrò il favore di Alessandro VI che sperava di vedere in futuro il figlio Cesare Borgia sul trono di Napoli. Furono avviate trattative e il 21 luglio 1498 Alfonso, nominato duca di Bisceglie e di Corato, sposò Lucrezia Borgia figlia del papa.
Dopo un periodo di serenità e di armonia fra Alfonso e la famiglia della moglie, la politica filofrancese di Alessandro VI rese la sua presenza a Roma problematica.
Consapevole del pericolo, il 2 agosto 1499 Alfonso fuggì da Roma rifugiandosi presso i Colonna e poi raggiungendo il Regno di Napoli. Alessandro VI lo rintracciò e convinse Federico I a farlo tornare a Roma per riunirsi a Lucrezia che era in stato di gravidanza avanzata.
Alfonso tornò a Roma alla metà di ottobre e il primo novembre 1499 nacque il figlio Rodrigo d'Aragona.
Nella serata del 15 luglio 1500 Alfonso fu aggredito presso la Basilica di San Pietro da sicari quasi certamente mandati da Cesare Borgia e venne ferito gravemente.
Fu soccorso e trasportato negli appartamenti dei Borgia in Vaticano dove fu assistito da Lucrezia e dalla sorella Sancha e curato da medici fatti appositamente venire da Napoli.
Il 18 agosto 1500 Cesare Borgia inviò Michelotto Corella, notoriamente suo sicario, ad arrestare quanti si trovavano con Alfonso con il pretesto di un presunto complotto contro di lui. Michelotto eseguì l'ordine e allontanò Lucrezia e Sancha, poco dopo Alfonso fu trovato morto, per una caduta accidentale che aveva riaperto le sue ferite, sostenne Michelotto.
In seguito fu ucciso anche Giovan Maria Gazzela fratello della madre di Alfonso che si tentò di far passare come responsabile dell'omicidio del nipote.
Probabilmente il vero movente di Cesare fu il desiderio di rendere vedova la sorella per poter combinare un nuovo matrimonio politico a lui favorevole.
Due anni dopo l'uccisione di Alfonso d'Aragona, Lucrezia fu fatta sposare con Alfonso I d'Este.

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Riferimenti letteratura:

Ludovico Antonio Muratori - Annali d'Italia dal principio dell'era volgare

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