Di nobile famiglia andalusa, nacque a Ubeda intorno al 1443. Nel 1456 entrò come paggio alla corte di Enrico IV re di Castiglia e Leon.
Svolgendo una rapida carriera ricoprì varie posizioni, nel 1461 entrò nel consiglio della corona e nel 1462 fu nominato Maestro dell'Ordine monastico-militare di Santiago di Compostela ed ottenne la contea di Ledesma.
Invidiosi della sua fortuna molti cortigiani sparsero la voce di una relazione fra la regina Giovanna del Portogallo e Beltran de la Cueva e quando la coppia reale ebbe una figlia il fratellastro di Enrico IV, Alfonso, che doveva cedere alla neonata il titolo di erede al trono, convinse molti che la bambina fosse figlia dell'adulterio tanto che la principessa fu soprannominata Giovanna la Beltraneja.
A seguito di queste voci scandalistiche Beltran fu privato del titolo di Maestro dell'Ordine di Santiago ed allontanato dalla corte, ma in seguito ottenne il ducato di Albuquerque e il governo di alcune città.
Richiamato a corte nel 1464, Beltran fu a fianco di Enrico IV in tutti gli episodi della lotta contro il fratellastro che si era fatto proclamare re con il nome di Alfonso XII e teneva corte a Olmedo.
Alfonso morì nel 1468 e Enrico IV, sopraffatto dalle pressioni della nobiltà, riconobbe l'illegittimità di Giovanna la Beltraneja e nominò sua erede la sorellastra Isabella di Castiglia.
Successivamente il re rinnegò la decisione, quindi ripudiò la moglie per infedeltà e fra i sostenitori di Isabella e quelli di Giovanna la Beltraneja scoppiò una guerra civile nella quale Beltran si schierò contro la sua presunta figlia.
Nel 1479 Isabella prevalse e Beltran rimase al suo servizio prendendo parte anche all'assedio di Granada del 1491.
Morì nel castello di Cuéllar nel 1492.