Nato a Porlezza, presso Como, nel 1532, fratello di Tommaso Della Porta il Vecchio.
Ebbe un apprendistato come stuccatore e forse fu allievo del Vignola. Nel 1559 era a Roma, fra il 1560 e il 1561 realizzò il portale di Vigna Grimani sul Quirinale, sua prima opera documentata.
Divenuto allievo e collaboratore di Guidetto Guidetti, dal 1562 lavorò come unico architetto all'oratorio del Crocifisso di San Marcello commissionato dal cardinale Ranuccio Farnese. L'oratorio fu aperto nel 1563 e l'anno successivo Della Porta ne progettò la facciata.
Nel 1562 lavorò nella basilica di Santa Maria Maggiore su commessa del cardinale Ascanio Sforza. I lavori si prottrassero fino al 1573 e durante quegli anni il Della Porta collaborò con Michelangelo per la cappella Sforza della basilica.
Nel 1564 Guidetti e Michelangelo morirono e Della Porta ereditò la direzione dei lavori del Palazzo dei Conservatori sul Campidoglio.
Nel 1563 Giacomo Della Porta curò il restauro della Fontana di Trevi e quello della chiesa di Santa Maria in Aracoeli.
Con la carica di "architetto del Popolo Romano", il Della Porta lavorò per molti anni alla costruzione ed alla manutenzione di opere pubbliche urbane ma attese anche ad opere straordinarie come la realizzazione di un ponte sulla Via Portuense e la sistemazione dell'Obelisco Vaticano.
Numerose le facciate di chiese, le fontane, le piazze realizzate o sistemate.
Fra il 1599 e il 1601 curò la ricostruzione della cappella di San Paolo dell'Abbazia delle Tre Fontane, nello stesso recinto trasformò il recinto presbiteriale della chiesa di Santa Cecilia in Trastevere per esporre la sepoltura della Santa ornandola con una decorazione in pietre dure.
Morì a Roma nel 1602.



Opere (elenco tratto da Wikipedia):

- Oratorio del Santissimo Crocifisso (1562-1568)
- Chiesa del Gesù (1573-1575)
- Fontane di Palazzo Borghese (1573)
- Palazzo Senatorio al Campidoglio, facciata, scale e cordonata (1573-1602)
- Fontane in Piazza Colonna (1574)
- Piccole fontane a Piazza Navona (1574)
- Palazzo del comune di Velletri, iniziato nel 1575 e lasciato incompiuto alla morte, terminato da Filippo Barigioni nel 1720
- Palazzo della Sapienza (1578-1602)
- Palazzo Capizucchi (1580)
- Palazzo Crescenzi alla Rotonda (1580)
- Palazzo Crescenzi, ora Serlupi Crescenzi, in via del Seminario (1585)
- Santa Maria dei Monti (1580)
- Sant'Atanasio dei Greci (1581)
- Fontana delle Tartarughe (1584)
- L'incompiuto Palazzo Farnese di Ortona (1584)
- Fontana del Moro in Piazza Navona
- Facciata del Gesù, modifica sulla base di un suo progetto (1584)
- Palazzo Marescotti (1585)
- Trinità dei Monti (1586)
- Cupola della Basilica di San Pietro (1588-1590)
- Fontana di Piazza alli Monti (1589)
- Facciata di San Luigi dei Francesi (1589)
- Fontane nella Piazza di Santa Maria in Campitelli (1589)
- Fontane opposte Santi Venanzio e Ansovino (1589)
- Fontana della Terrina (1590)
- Palazzo Fani (1598)
- Chiesa di San Paolo alle Tre Fontane (1599)
- Basilica di San Nicola in Carcere (1599)
- Palazzo Albertoni Spinola (1600)
- Villa Aldobrandini (1600-1602) a Frascati
- Cappella Aldobrandini (1600-1602) in Santa Maria sopra Minerva.