Figlia di Carlo il Temerario duca di Borgogna e di Isabella di Borbone, nacque a Bruxelles nel 1457.
La madre morì nel 1465 e Carlo si risposò con Margherita di York. il 5 gennaio 1477 morì anche il padre e Maria, che era figlia unica, ne ereditò tutti i domini ed il titolo ducale.
I comuni fiamminghi, tuttavia, approfittarono della situazione per imporre a Maria la concessione del Gran Privilegio che li rendeva di fatto indipendenti mentre il re di Francia Luigi XI di fronte al rifiuto di Maria di fidanzarsi con il figlio Carlo (il futuro Carlo VIII) che aveva solo sette anni, invase gran parte dei suoi domini.
Maria accettò allora il fidanzamento con Massimiliano d'Asburgo e lo sposò il 18 agosto 1477.
Dal matrimonio nacquero Filippo il Bello e Margherita d'Austria, oltre a un figlio di nome Federico morto neonato.
L'esercito imperiale insieme alle truppe borgognone fermò l'avanzata francese ma la guerra continuò fino al trattato di Arras del 21 dicembre 1482 con cui gli stati borgognoni furono divisi fra Luigi XI e Massimiliano.
Maria era morta il 27 marzo 1482 cadendo da cavallo durante una battuta di caccia.