Il fiume Nera nasce dai Monti Sibillini presso Castelsantangelo sul Nera in provincia di Macerata a 905 m.s.l.m.
In territorio marchigiano, oltre al territorio comunale di Castelsantangelo sul Nera, bagna quelli di Visso e Ussita.
Entra in Umbria dopo venti chilometri di corso e scorre in Valnerina. Presso Triponzo riceve il notevole contributo del fiume Corno; dopo aver attraversato la provincia di Perugia entra in quella di Terni dove riceve le acque del Velino tramite la cascata delle Marmore.
Attraversa la città di Terni con una grende portata idrica grazie ai contributi di vari affluenti e fonti sorgive ricevuti in precedenza, per poi percorrere una gola che passa nei pressi di Narni.
Dopo 116 km. di corso si getta nel Tevere nei pressi di Orte.