Monastero fondato nel 1402 dall'Ordine di San Gerolamo nel villaggio di Saint Just, oggi Cuacos de Yuste, nella provincia di Cáceres in Estremadura.
Dopo aver abdicato nel 1556 l'imperatore Carlo V lo scelse come luogo di ritiro dove trascorrere in preghiera i suoi ultimi anni e lo fece ampliare per accogliere il suo seguito e per ricevere le visite del figlio Filippo II re di Spagna e del figlio naturale Giovanni d'Austria.
Carlo V morì nel monastero il 21 settembre 1558 e vi fu sepolto, in seguito il suo corpo fu traslato al monastero dell'Escorial.
Distrutto durante la guerra d'indipendenza spagnola e ricostruito nel 1949, il monastero ospita attualmente monaci dell'Ordine di San Paolo.