Matteo Perez detto Matteo da Lecce nacque a Alezio nel Salento tra il 1545 e il 1550.
Intorno ai vent'anni si trasferì a Roma e nel 1568 lavorò con Livio Agresti alle decorazioni della Villa d'Este a Tivoli.
Nel 1574 dipinse l'affresco Disputa sul corpo di Mosè sulla porta d'ingresso della Cappella Sistina in sostituzione di un affresco di Luca Signorelli distrutto nel 1522 per il cedimento dell'architrave della porta.
Ancora a Roma intorno al 1575 partecipò alla decorazione dell'Oratorio del Gonfalone, vi dipinse Re Salomone, Un Profeta, Una Sibilla, Ecce Homo ma distrusse quest'ultimo affresco.
Si recò quindi a Malta dove decorò a fresco il Salone degli Ambasciatori nel Palazzo dei Cavalieri della Valletta rappresentando scene dell'assedio di Malta del 1565 e della vittoria dei Cavalieri sulla flotta di Solimano il Magnifico.
Dopo un secondo soggiorno a Roma, Matteo si recò a Siviglia dove dipinse a fresco San Cristoforo nella cattedrale.
Da Siviglia si trasferì in Perù in un anno imprecisato, nel 1590 era a Lima dove eseguì nelle chiese della città lavori dei quali rimangono solo pochissime parti.
Morì a Lima entro il 1616.