Probabilmente originario della Scizia, Giovanni Cassiano nacque intorno al 360, fu monaco a Gerusalemme e dopo un periodo vissuto da eremita nel deserto insieme a un altro monaco, verso i quarant'anni, si stabilì a Costantinopoli dove divenne collaboratare del patriarca Giovanni Crisostomo.
Nel 402 il patriarca fu deposto e esiliato a causa dell'ostilità di altri religiosi e dell'imperatrice Eudosia. Richiamato e nuovamente esiliato, Crisostomo morì nel Ponto nel 407. Giovanni Cassiano si stabilì a Roma e fu testimone del saccheggio compiuto dai Goti di Alarico nel 410.
In Gallia dal 415, fu fondatore del monastero di San Vittore a Marsiglia, nel quale morì nel 435. Nel periodo trascorso a Marsiglia compose che sue opere che trattano di vita monastica: Le istituzioni cenobitiche (De Institutis coenobiorum et de octo principalium vitiorum remediis) e Le conferenze (Collationes patrum in Scithico eremo commorantium). Scrisse inoltre un trattato contro il Nestorianesimo.
La sua memoria si celebra il 23 luglio dalla Chiesa Cattolica e il 29 luglio dalla Chiesa Ortodossa.
E' considerato un padre della Chiesa.