Figlio illegittimo di Clotario I, fu allevato dallo zio Childeberto I, visse quindi in Italia e a Costantinopoli.
Richiamato da un gruppo di nobili franchi, fu da questi incoronato re di Aquitania in opposizione al fratellastro Gontrano.
Gontrano e Childeberto II intervennero militarmente contro Gundobaldo e infine lo assediarono in una località dei Pirenei. Si arrese ma fu giustiziato e il suo corpo fu abbandonato senza sepoltura (marzo 585).
Si sa che ebbe una moglie e due figli ma non se ne conoscono i nomi nè il destino.