Nato a Murta, nei pressi di Genova, in data imprecisata, Giovanni esercitò la professione di banchiere; fu eletto doge il 25 dicembre 1345 quando Simone Boccanegra rinunciò alla carica.
Riuscì a risolvere molte lotte interne tra le maggiori famiglie genovesi, ma i potenti Grimaldi postisi a capo dei fuoriusciti tentavano di impadronirsi della città, perciò il doge fece armare una flotta privata comandata da Simone Vignoso. I fuoriusciti non ritennero di poter affrontare la flotta genovese e portarono le proprie navi Marsiglia.
La stessa flotta si occupò in seguito di liberare l'isola di Chio dai Turchi, mentre Giovanni da Murta si occupava di consolidare il dominio genovese sulla Corsica.
Per la riconquista di Chio, non potendo pagare con fondi statali il compenso pattuito con Vignoso, il doge cedette all'ammiraglio e ai suoi soci i diritti di sfruttamento delle risorse naturali dell'isola.
Giovanni da Murta fu colpito dalla grande epidemia di peste che in quegli anni si diffondeva in Europa e morì a Genova il 6 gennaio 1350. Suo successore fu Giovanni da Valente.

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Vedi anche:

Dogi di Genova

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