Figlio di Aloisio Gonzaga e di Caterina Anguissola, nacque a Castel Goffredo il 28 luglio 1544. Nel 1559 fu investito del feudo di Castiglione delle Stiviere dall'imperatore Ferdinando I d'Asburgo.
Trascorse molti anni in Spagna dove nel 1566 sposò Marta Tana dalla quale ebbe otto figli.
Nel 1577 ottenne il titolo di marchese da Massimiliano II. Nel 1579, nominato governatore del Monferrato, si trasferì con la famiglia a Casale dove curò le difese militari della città.
Dopo un altro periodo in Spagna tornò a Castiglione nel 1584 sofferente per la gotta e altre malattie. Morì a Milano il 13 febbraio 1586.
Il primogenito Luigi ritirandosi in convento nel 1585 rinunciò al titolo di marchese a favore del fratello Rodolfo che fu successore di Ferrante. Gli otto figli di Ferrante e Marta furono Luigi (San Luigi Gonzaga), Rodolfo, Ferrante, Carlo,Isabella, Francesco, Cristierno, Diego.