Nato a Celico, in Calabria, intorno al 1145, figlio di un notaio.
Aderì all'ordine dei Cistercensi dopo un viaggio in Terrasanta, ospite di numerosi monasteri e nel 1187 era abate a Corazzo quando, su licenza di Clemente III si ritirò sulla Sila in vita eremitica.
Riunito un gruppo di seguaci, costruì l'eremo di San GIovanni in Fiore e fondò la congregazione florense che fu approvata da Celestino III nel 1196. Morì intorno al 1202 a Pietralta o a San Giovanni in Fiore.
Subito dopo la sua morte i seguaci inviarono a Roma la documentazione dei suoi miracoli e fu avviato un processo di canonizzazione che si interruppe nel 1215 quando il Concilio Lateranense IV dichiarò eretiche alcune affermazioni contenute in un libretto arbitrariamente attributo a Gioacchino. Il Concilio precisò che ciò non riguardava la persona, l'operato e la fede di Gioacchino da Fiore che aveva sempre sottoposto le sue opere al giudizio della sede apostolica, tuttavia la canonizzazione non ebbe luogo e il relativo processo, ripreso ed interrotto più volte, è tuttora in corso.

Opere principali: Concordia Novi ac Veteris Testamenti, Expositio in Apocalypsim, Psalterium decem chordarum