Figlio di Federico I Gonzaga marchese di Mantova e di Margherita di Wittelbach, nacque a Mantova il 10 agosto 1466.
Alla morte del padre, avvenuta nel 1484, ereditò la signoria di Mantova.
Sposò il 12 febbraio 1490 Isabella d'Este figlia di Ercole I d'Este.
Fu capitano di ventura al soldo di Venezia dal 1489 al 1498. Nel 1495 partecipò alla battaglia di Fornovo come comandante delle forze degli stati italiani che si erano alleati contro l'esercito francese di Carlo VIII.
Nel 1503 passò al servizio della Lega di Cambrai indetta dal papa Giulio II. Sconfitto a Casaloldo il 10 maggio 1509 fu in seguito catturato dai Veneziani che lo tennero prigioniero per circa un anno.
Per essere liberato consegnò in ostaggio il figlio Federico che venne alloggiato presso la corte di Giulio II.
La sua attività diplomatica permise la sopravvivenza del piccolo stato mantovano in un'epoca di grandi tensioni. Per mantenere buoni rapporti ed alleanze con le potenze in gioco fu Gonfaloniere della Chiesa, Capitano delle Milizie Venete e Cavaliere dell'Ordine di San Michele, titolo quest'ultimo conferitogli dal re di Francia Francesco I nel 1518.
Morì di sifilide a Mantova il 29 marzo 1519, gli successe il figlio Federico II.

Oltre che per le sue imprese militari ed attività politiche, Francesco Gonzaga è ricordato per una relazione platonica intrattenuta con Lucrezia Borgia e per aver patrocinato alcune opere d'arte: la chiesa di Santa Maria della Vittoria a Mantova, costruita per commemorare la battaglia di Fornovo, e quadri di Andrea Mantegna e Domenico Morone.

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Riferimenti letteratura:

Ludovico Antonio Muratori - Annali d'Italia dal principio dell'era volgare

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