Goto di origine, monaco benedettino, fu eletto papa nel 579, succedendo a Benedetto I.
Contro i Longobardi invasori, che avevano recentemente devastato l'abbazia di Montecassino, cercò aiuto a Costantinopoli tramite l'apocrisario (rappresentante della Santa Sede) Gregorio, il futuro papa Gregorio I.
Non ottenendo quanto chiedeva Pelagio si rivolse al re merovingio Childeberto che scese in Italia d'accordo con l'imperatore Maurizio ma accettò un'offerta di denaro dei Longobardi e tornò in patria senza aver combattuto. Dopo essersi rivolto ancora inutilmente a Costantinopoli e all'esarca di Ravenna, il pontefice riuscì a concludere una tregua con il re longobardo Autari.
Pelagio II tentò anche di comporre lo scisma di Aquileia iniziato sotto Pelagio I convocando appositamente un concilio ma il patriarca Elia e i vescovi a lui soggetti rifiutarono di riconoscere il Concilio di Costantinpoli.
Morì nel 590 ucciso dalla grave pestilenza che aveva colpito Roma. Gli successe Gregorio I.

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Riferimenti letteratura:

Paolo Diacono - Storia dei Longobardi

Ludovico Antonio Muratori - Annali d'Italia dal principio dell'era volgare

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Vedi anche:

Cronologia dei Papi ed Antipapi

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