Figlio di Amalrico I re di Gerusalemme e di Agnese di Courtenay, nacque a Gerusalemme nel 1161.
Nel 1164 il matrimonio fra i suoi genitori fu annullato per vizio di consanguineità ma la legittimità di Baldovino e di sua sorella Sibilla venne confermata.
Baldovino trascorse l'infanzia a corte e fu educato da Guglielmo di Tiro. Giunto alla pubertà fu evidente che era malato di lebbra.
Nel 1174 Amalrico I morì e il tredicenne Baldovino fu incoronato re di Gerusalemme sotto la reggenza di Raimondo III di Tripoli il quale, prevedendo che il giovane monarca non sarebbe vissuto a lungo, combinò il matrimonio fra la principessa Sibilla e Guglielmo di Monferrato che vantava parentele con Luigi VII di Francia e con Federico Barbarossa.
Terminata dopo due anni la reggenza di Raimondo di Tripoli, Baldovino IV decise di affrontare il Saladino e, dopo alcune incursioni in territorio siriano, si preparò ad attaccare l'Egitto. A questo scopo cercò l'alleanza dell'imperatore Manuele Comneno ma l'accordo saltò e l'impresa venne rimandata. Saladino ne approfittò per muovere contro il regno di Gerusalemme ma Baldovino IV, nonostante la giovane età (aveva sedici anni) e la malattia, assunse personalmente il comando e il 25 novembre 1177 riportò una grande vittoria sui Musulmani nella battaglia di Montgisard.
Tuttavia la guerra proseguì e i crociati di Baldovino subirono a loro volta una sconfitta il 10 giugno 1179 a Mari Ayun.
Intanto Sibilla era rimasta vedova di Guglielmo di Monferrato e nel 1180 sposò Guido di Lusignano che nel 1182 fu nominato reggente da Baldovino IV ma dopo un anno l'incarico venne revocato a causa della sua inettitudine.
Per preservare il regno dal cognato incapace, Baldovino IV escluse Sibilla dalla successione e nominò suo erede Baldovino V, figlio di Sibilla e di Guglielmo di Monferrato.
Baldovino IV tentò anche, senza successo, di ottenere l'annullamento del matrimonio fra la sorella e Guido di Lusignano.
Il 16 marzo 1185 la lebbra uccise Baldovino IV e il nipote Baldovino V ascese al trono sotto la reggenza di Raimondo di Tripoli ma anche il piccolo Baldovino V era malato e morì dopo un anno permettendo a Sibilla e a Guido di essere incoronati.