Figlio di Filippo I Filadelfo, fu l'ultimo sovrano dei Seleucidi governando parte della Siria dal 66 al 64 a.C.
In quegli anni, mentre la Siria veniva organizzata in provincia romana, regnava ancora Antioco XIII Asiatico su altre zone del paese ma nel 64 a.C. Pompeo affidò il governo della Siria a Marco Emilio Scauro, Antioco XIII fu detronizzato e Filippo II regnò ancora un periodo sulla Cilicia come re cliente dei Romani.
L'appellativo Filoromeo o Filoromano richiama chiaramente la politica di Filippo II che curava con attenzione i rapporti con Pompeo e con i Romani in generale, tuttavia quando nel 58 a.C., dopo la fuga di Tolomeo XII, Filippo sposò Berenice IV sperando di salire sul trono egiziano fu proprio il governatore romano Aulo Gabinio ad annullare il matrimonio vanificando le sue aspirazioni.