Figlio di Niccolò III d'Este e di Ricciarda di Saluzzo, nacque a Ferrara il 26 ottobre 1431, fu dal 1445 al 1460 a Napoli con il fratello minore Sigismondo per essere educato alla corte aragonese, studiò strategia militare e architettura.
Il fratello maggiore Leonello resse la signoria di Ferrara, Modena e Reggio dal 1441 al 1450, gli successe il fratellastro Borso d'Este che fu in carica fino al 1471 e ottenne il titolo di duca. Dal 1460 in poi, lasciata Napoli, Ercole militò per diversi signori senza ottenere particolari successi. Nel 1467 fu ferito a un piede in battaglia e rimase zoppo per il resto della vita.
Alla morte di Borso, nel 1471, Ercole prese il titolo ducale come aveva segretamente concordato con l'imperatore Enrico III anni prima ma si opponeva Niccolò figlio di Leonello.
Per sostenere le sue pretese, Niccolò si accordò con Ludovico III Gonzaga marchese di Mantova e con Galeazzo Maria Sforza duca di Milano. Quest'ultimo preparò un intervento militare in favore di Niccolò ma venendo a sapere che i Veneziani avrebbero sostenuto Ercole desistette dall'impresa.
Il titolo di Ercole I fu confermato da Sisto IV, nel 1473 il duca sposò Eleonora d'Aragona figlia di Ferdinando I re di Napoli. Il primo figlio maschio della coppia fu Alfonso nato il 21 luglio 1476. Il primo settembre dello stesso anno Niccolò tentò un colpo di stato che aveva organizzato con l'aiuto di Galeazzo Maria Sforza. Giunse a Ferrara navigando sul Po con cinque navi cariche di armate e occupò la città. In quel momento Ercole si trovava altrove e Eleonora si rifugiò con il cognato Sigismondo in un castello dove mancavano mezzi di sostentamento.
Le aspettative di Niccolò furono deluse perché la cittadinanza, soddisfatta del governo di Ercole, gli si rivoltò contro: al ritorno del duca il golpista fu decapitato, molti dei suoi uomini furono uccisi al momento della cattura o impiccati poco dopo.
Nel 1478, durante la guerra che seguì alla congiura dei Pazzi, Ercole fu nominato capitano generale delle milizie di Firenze e Milano e nel 1479 fu scomunicato da Sisto IV. Fra le complicate vicende di quella guerra si citano numerosi cambiamenti di alleanze e quando a Milano prese il potere Ludovico il Moro, la duchessa Bona di Savoia chiese aiuto a Ercole che accorse in Lombardia ma lasciò sguarnita la Toscana dove la sua gente subì una dura sconfitta.
Nel 1482 i Veneziani, con l'appoggio di Sisto IV, attaccarono il ducato e giunsero a occupare parte della città di Ferrara mentre Alfonso duca di Calabria, alleato di Ercole, attaccava lo stato della Chiesa e veniva sconfitto il 21 agosto 1482 nella battaglia di Campomorto.
Questa guerra si concluse nel 1484 con un trattato di pace che privò gli Estensi del Polesine e di Rovigo ma rese loro altre località nel Veneto.
Nel 1492 Ercole accolse a Ferrara parte degli Ebrei cacciati dalla Spagna e nel 1498 quelli provenienti dal Portogallo.
Nel 1499 Milano, Venezia e Firenze affidarono a Ercole I l'arbitrato per concludere la guerra di Pisa. Decise di assegnare Pisa ai Fiorentini che avrebbero dovuto pagare una forte somma a Venezia mentre le rendite pubbliche sarebbero andate ai Pisani. I Pisani non accettarono la decisione e continuarono la guerra, infine Pisa venne conquistata per Firenze da Vitellozzo Vitelli.
Ercole I d'Este morì Ferrara il 25 gennaio 1505 lasciando il ducato al figlio Alfonso I. Dalla moglie Eleonora d'Aragona aveva avuto sette figli: Isabella d'Este, Beatrice d'Este, Alfonso I, Ferrante d'Este, Ippolito d'Este, Sigismondo d'Este, Alberto d'Este.
Dall'amante Isabella Arduino ebbe Giulio d'Este e da Ludovica Condolmieri Lucrezia e Lorenzo.

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Riferimenti letteratura:

Ludovico Antonio Muratori - Annali d'Italia dal principio dell'era volgare

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