Figlio di Iacopo Della Torre. Signore della Valsassina.
Nel 1226 fu nominato podestà di Brescia mentre il bresciano Lanfranco De Pancarelli assumeva la stessa carica a Milano. Questo scambio di magistrati serviva a consolidare il patto di alleanza delle due città contro Federico II di Svevia.
Nel 1229 fu podestà di Bergamo per volontà del cardinale Goffredo di San Marco che era intervenuto per sedare la lotta fra le famiglie di quella città. Tuttavia il 22 giugno 1229 Pagano Della Torre fu costretto alla fuga dai Colleoni che avevano fatto irruzione a Bergamo riprendendo la lotta contro le famiglie rivali.
Quando nel 1234 Enrico re dei Romani si ribellò al padre Federico II, firmò un trattato di alleanza con Milano. L'adesione a questo trattato fu promossa da Pagano ed approvata dalle più importanti famiglie milanesi.
Enrico fu sconfitto nel 1235 e le città della Lega Lombarda, contro le quali Federico II stava per rivolgere azioni di rappresaglia, si riunirono a Brescia per rinnovare i loro patti di alleanza. Pagano fu nominato di nuovo podestà di Brescia e fu ambasciatore presso il papa Gregorio IX che aveva avviato trattative per risolvere pacificamente la situazione.
Le trattative fallirono ed iniziò fra l'imperatore e le città lombarde una guerra che si concluse con la vittoria imperiale di Cortenuova il 27 novembre 1237.
Dopo la sconfitta Pagano offrì rifugio ed assistenza nella sua terra a quel che restava dell'esercito lombardo, ottenendo così grande credito negli ambienti guelfi di Milano.
Nel 1240 fu posto a capo della Credenza di S. Ambrogio, l'istituzione politica della parte popolare, incarico che per molto tempo venne ereditato dai suoi discendenti.
Ottenuta quindi la nomina a Podestà del Popoolo, lasciò la Valsassina per trasferirsi a Milano.
Pagano morì il 6 gennaio 1241 e fu sepolto nel monastero di Chiaravalle.
Aveva avuto sei figli: Ermanno, Napoleone, Francesco, Caverna, Pagano, Raimondo.