Figlia di Ercole I d'Este e di Eleonora d'Aragona, nacque il 25 giugno 1475.
Findanzata dall'infanzia con Ludovico Sforza detto il Moro, lo sposò nel 1491 ed ebbe due figli: Massimiliano e Francesco.
Fu donna colta e raffinata e quando il marito divenne duca di Milano accolse a corte alcuni fra gli artisti più importanti del suo tempo fra i quali Leonardo da Vinci e Baldassarre Castiglione.
Morì di parto nel 1495, a ventidue anni.
Ebbe i titoli di duchessa di Bari dal 1491 e di duchessa di Milano dal 1494.