Figlio di Tolomeo V Epifane e di Cleopatra I, salì al trono nel 180 a.C., quando aveva circa cinque anni. Dopo quattro anni Cleopatra I morì e la reggenza passò a tutori incapaci che provocarono uno scontro con Antioco IV Epifane re di Siria il quale nel 170 a.C. attaccò l'Egitto ma dovette ritirarsi nel 168 a.C. per l'intervento romano.
Tolomeo VI, che dal 170 a.C. dovette condividere il trono con il fratello minore Tolomeo VIII Evergete II, sposò Cleopatra II, sua sorella, dalla quale nacque il futuro Tolomeo VII e condivise con lei il potere.
Nel 164 a.C. Tolomeo VI lasciò volontariamente l'Egitto trasferendosi a Roma ma l'impopolarità di Tolomeo VIII spinse gli Egiziani a pregarlo di tornare ad Alessandria. In base ad un accordo del 163 a.C. Tolomeo VI riprese il potere mentre Tolomeo VIII conservava il governo della Cirenaica.
Nel 145 a.C. Tolomeo VI si alleò con Demetrio II contro l'usurpatore del trono seleucida Alessandro Bala. Bala fu sconfitto ma Tolomeo morì poco dopo per le ferite riportate in battaglia, gli successe Tolomeo VII Neo Filometore.

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Riferimenti letteratura:

Bibbia - Primo libro dei Maccabei

Velleio Patercolo - Storia romana

Giuseppe Flavio - Antichità Giudaiche

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Francesco Cassini da Perinaldo - Storia di Gerusalemme
Vedi anche:

Dinastia Tolemaica o Lagide

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