Di agiata famiglia greco-siciliana rinunciò all'eredità e si fece monaco a Palermo per entrare più tardi a far parte del clero romano. Pare che quando venne eletto papa il 27 giugno 678 come successore di Dono fosse già estremamente anziano.
Riuscì ad ottenere la cessazione del tributo che la Chiesa versava all'imperatore di Bisanzio al momento della conferma del nuovo pontefice.
Nel marzo 680 presiedette a Roma il sinodo che condannò il monotelismo, la condanna fu confermata presenza dei legati di Agatone nel terzo Concilio di Costantinopoli (680-681) convocato dall'imperatore Costantino IV.
Si adoperò come mediatore fra l'impero di Bisanzio ed i Longobardi di Pavia.
Morì il 10 gennaio 681, gli successe Leone II.

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Riferimenti letteratura:

Paolo Diacono - Storia dei Longobardi

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Vedi anche:

Cronologia dei Papi ed Antipapi

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