Figlio di Giovanni Comneno e di Anna Dalassena, fratello di Alessio che fu imperatore di Bisanzio come Alessio I, nacque nel 1044. Sposò una componente della famiglia Diogene.
Nell'Alessiade di Anna Comnena figlia di Alessio, si legge che il giovane Alessio Comneno fu esentato dalla guerra contro i Turchi per non aggravare l'angoscia della madre Anna Dalassena che aveva recentemente perduto il primogenito Manuele che quindi dovrebbe essere morto entro il 1062, tuttavia il risultato di questo calcolo sembra improbabile ed è forse viziato da errori nella cronologia proposta dalla scrittrice.