Nel giugno 1859 un comitato di cittadini di Perugia chiesa al governo pontificio di uscire dalla neutralità nei confronti della guerra di indipendenza italiana.
Di fronte a un rifiuto i perugini cacciarono i rappresentanti della Chiesa e formarono un governo provvisorio che offrì la dittatura a Vittorio Emanuele II e preparò le difese contro l'inevitabile reazione.
Il 20 giugno 1859 le truppe di Pio IX, composte da oltre duemila soldati prevalentemente svizzeri, sopraffecero rapidamente i difensori delle mura di Perugia, che erano pochi e male armati, ed entrarono in città dove si dedicarono a saccheggiare case, chiese ed edifici pubblici massacrando la popolazione civile.
Non fu possibile accertare la responsabilità degli alti funzionari ecclesiastici nè quale fu il personale coinvolgimento del papa. L'evento, che ebbe grande risonanza internazionale, è ricordato dal Monumento ai Caduti del 20 giugno 1859 che fu eretto nel 1909 in occasione del cinquantenario della strage.