Figlia di Ferrante di Capua principe di Molfetta e di Antonicca del Balzo, Isabella nacque nel 1510.
Nel 1525 sposò Troiano Caracciolo principe di Melfi ma in seguito il matrimonio venne annullato dal papa Clemente VII e nel 1530 Isabella sposò Ferrante Gonzaga conte di Guastalla portandogli in dote Molfetta, Campobasso, Giovinazzo e altri feudi.
Isabella e Ferrante ebbero undici figli tra i quali raggiunsero l'età adulta Cesare, Ippolita, Francesco, Andrea, Gian Vincenzo, Ercole, Ottavio.
Morì a Napoli il 17 settembre 1559.