Detto in precedenza Palazzo del Comune o Palazzo degli Anziani, è anteriore al XIV secolo e venne ampliato in due fasi nel 1447 e nel 1484 su disegno di Francesco di Giorgio Martini.
Nel 1496 Melozzo da Forlì decorò una delle sale.
Nel 1532 ospitò i rappresentanti del governo pontificio e dal 1860 la prefettura.
Situato in Piazza del Plebiscito, il Palazzo del Governo di Ancona presenta una facciata in stile rinascimentale con il piano terreno avanzato e sormontato da una terrazza e due piani di finestre.
Vi si apre l'arco detto Amoroso dal nome del suo autore Pietro Amoroso.
Dall'arco si accede al cortile con portico gotico-rinasciamentale opera di Michele di Giovanni e di suo figlio Alvise.
La Torre Civica fu ricostruita nel 1581 da Nicola Longhi e Tommaso Jacometti, restaurata nel 1805 da Domenico Egidi.