Nel 1241 il papa Gregorio IX convocò un concilio da tenersi in Roma per la Pasqua con lo scopo di destituire l'imperatore Federico II dopo aver confermato la sua scomunica. Il comune di Genova assunse il compito di trasportare da Nizza a Ostia i vescovi diretti a Roma per il concilio in modo da evitare le strade della penisola controllate dagli imperiali.
Federico II inviò un contingente navale al quale i unirono altre unità della flotta pisana. Le forze imperiali sbaragliarono le nevi genovesi il 3 maggio 1241 nelle acque dell'Isola del Giglio, sfuggirono solo alcune imbarcazioni che trasportavano i religiosi provenienti dalla Spagna.
Furono catturati diciotto prelati che vennero imprigionati nei castelli di Campania e di Puglia e il concilio venne ovviamente annullato.