Situata lungo la Via Laurentina, l'Abbazia delle Tre Fontane prende il nome da una tradizione secondo cui nel sito dell'Abbazia fu decapitato San Paolo e la sua testa, rimbalzando tre volte, fece scaturire altrettante fonti dal terreno.
Il complesso è circondato dagli eucalipti che i Trappisti piantarono nel 1868 per bonificare l'area e comprende il monastero cistercense, la chiesa dei Ss. Vincenzo e Anastasio, la chiesa di Santa Maria Scala Coeli e la chiesa di San Paolo.
Come testimoniano reperti archeologici, già nel terzo secolo si trovava in questo luogo un cimitero cristiano e non molto più tardi vi sorse un luogo di culto. Il monastero fu fondato nel 625 da Onorio I e costruito nella tenuta detta ad Aquas Salvias donata da Gregorio Magno alla Basilica di San Paolo.
I monaci greci che per primi abitarono il monastero vi traslarono le reliquie di Sant'Anastasio che subì il martirio in quel periodo.
Nel nono secolo l'Abbazia venne fortificata e dotata della porta detta Arco di Carlo Magno. Pasò ai Benedettini nell'XI secolo per volontà di Gregorio VII quindi ai Cistercensi nel 1140 per decisione di Innocenzo III.
Bernardo di Chiaravalle fece ristrutturare il complesso e costruire la chiesa di Santa Maria Scala Coeli in ricordo di una visione da lui avuta in quel periodo.
Nei secolo successivi a causa della natura paludosa e malsana del luogo, l'Abbazia venne praticamente abbandonata e affidata a usufruttuari (commenda) nel 1408 da papa Martino V.
Nel 1808 fu saccheggiata e soppressa dalle truppe napoleoniche e cadde definitivamente in rovina fino al 1868 quando Pio IX la fece restaurare e la assegnò ai Padri Trappisti.

Chiesa Abbaziale dei Ss. Vincenzo e Anastasio
Fondata nel 625 da papa Onorio I, la Chiesa accolse le reliquie del martire persiano S. Anastasio e successivamente quelle di San Vincenzo.
Fu ricostruita dai Cistercensi nell'XI secolo e completata nel 1221 sotto Onorio III.
Ha facciata in cotto preceduta da un portico. L'interno è a tre navvate divise da archi a tutto sesto. A sinistra della chiesa si trovano gli edifici monastici.

Chiesa di Santa Maria Scala Coeli
L'edificio attuale fu costruito da Giacomo della Porta su commissione del cardinale Alessandro Farnese in quello che secondo la tradizione fu il luogo del martirio di San Zenone, su un preesistente edificio di culto del XII secolo e su una cappella del 1138 costruita per commemorare la visione di San Bernardo.
La chiesa, in stile rinascimentale, presenta la facciata sormontata da un timpano.
L'interno è a pianta ottagonale ed è coperto da una cupola.

Chiesa di San Paolo
Fu eretta nel quinto secolo sul luogo del martirio dell'Apostolo e ricostruita fra il 1599 ed il 1601 da Giacomo della Porta per il cardinale Pietro Aldobrandini.
Un piccolo vestibolo precede l'interno composto da un'unica navata con due cappelle laterali. Tre piccole nicchie poste a diversa altezza indicano la posizione delle Tre Fontane dalle quali usciva acqua fino al 1950. Una colonna protetta da una grata sarebbe quella a cui fu legato San Paolo prima di essere decapitato.
Nella cappella a sinistra si trova una copia della Crocifissione di Guido Reni (originale nella Pinacoteca Vaticana), in quella di destra Decollazione di San Paolo di Bartolomeo Passerotti.