Casato perugino noto dal XIII secolo. Secondo il cronista Francesco Matarazzo i Baglioni sarebbero stati originari della Germania, giunti in Italia al seguito di Federico Barbarossa e da questi insigniti del vicariato di Perugia nel 1162.
A lungo in lotta con la famiglia degli Oddi, i Baglioni acquisirono nel corso del XIV e XV secolo il controllo di numerosi comuni del Perugino.
Braccio Baglioni, capitano delle milizie papali stanziate in Umbria, sfruttò questa posizione per condizionare la nomina dei magistrati cittadini procurando in questo modo alla famiglia una sorta di Signoria illegittima che non fu mai ufficialmente riconosciuta ma che consentì ai baglioni di esercitare il potere di fatto in Perugia e nel suo territorio.
I Baglioni furono sempre in lotta fra loro e il 14 luglio 1500 Astorre Baglioni, subito dopo la celebrazione del suo matrimonio con Lavinia Colonna, venne ucciso da una congiura orgnizzata dal cugino Grifone. L'evento scatenò una faida alla quale si salvò il solo Gian Paolo che presto organizzò azioni per riprendere il potere.
Negli anni successivi fu al comando della famiglia Gentile Baglioni, vescovo di Perugia.
Nel 1520 Gian Paolo fu attirato a Roma da Leone X che lo fece decapitare.
Suo figlio Orazio commise altri omicidi nell'ambito familiare, il fratello Malatesta, ottenuta la signoria nel 1527, consegnò la città all'esercito imperiale in Italia per assumere il comando delle forze fiorentine ma, segretamente accordatosi con Clemente VII, tradì e fece avere al nemico importati informazioni strategiche.
Nel 1534 Ridolfo, figlio di Malatesta, riprese per qualche tempo il potere trucidando i magistrati cittadini ed il legato papale, ma sconfitto dalle truppe di Paolo III si arrese nel 1540 ponendo fine alla signoria dei Baglioni.
Poco dopo Paolo III fece demolire la residenza dei Baglioni per costruire la fortezza progettata da Antonio da Sangallo il Giovane.

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Riferimenti letteratura:

Ludovico Antonio Muratori - Annali d'Italia dal principio dell'era volgare

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