Famiglia patrizia romana che ebbe grande importanza nella storia della città nel Medioevo.
E' considerato capostipite Pietro figlio di Gregorio II conte del Tuscolo che visse dal 1078 al 1108 e scelse il cognome Colonna (de Columna) dal castello di Colonna, possedimento nella zona dei Castelli Romani da lui ereditato nel 1101 insieme a Monte Porzio e Monte Compatri.
I discendenti di Pietro si stabilirono a Roma dove acquisirono il Mausoleo di Augusto e Monte Citorio ed iniziarono, nell'area di Ss. Apostoli, la costruzione delle loro abitazioni.
Lunghi periodi della storia della famiglia Colonna sono caratterizzati dalla rivalità con la famiglia Orsini, rivalità che spesso coinvolse le alte sfere della Chiesa e i papi, come nel caso di Bonifacio VIII, alleato degli degli Orsini, che subì l'affronto dello "schiaffo di Anagni" da parte di Sciarra Colonna.
Dal XIV secolo i Colonna ebbero ampi possedimenti nel Lazio a sud di Roma e presidiarono anche militarmente il loro quartiere e le vie di accesso meridionali della città.
Nel 1417, durante la permanenza del papato a Avignone, Ottone Colonna divenne papa con il nome di Martino V, con la sua nomina il Concilio di Costanza pose fine allo scisma d'Occidente. Nel 1420 Martino V ristabilì la sede del papato a Roma e di dedicò a riconciliare i Colonna con i loro avversare per riportare la pace in città e nello Stato Pontificio.
Un nuovo periodo di scontri tra i Colonna e la Chiesa si verificò durante il pontificato di Sisto IV. La pace tornò nel 1511 quando con la mediazione di Giulio II fu firmato da Fabrizio I Colonna e da Giulio Orsini un solenne trattato che poneva fine a ogni contrasto.
Nel 1571 la famiglia aggiunse un importante e glorioso evento alle sue memorie con Marcantonio II che, al comando della flotta pontificia, vinse la battaglia di Lepanto ed ottenne la dignità di gran connestabile del regno di Napoli.
Sotto Pio IV i Colonna ebbero il titolo di principi assistenti al Soglio Pontificio e nel XVII e XVIII secolo rivestirono varie cariche per la Chiesa e per la Spagna.
Nel 1816, con la restaurazione del governo pontificio dopo la parentesi napoleonica, Filippo Giuseppe Colonna rinunciò a tutti i diritti feudali sui domini della famiglia nello Stato della Chiesa, i suoi successori portarono il tiutolo di duca e principe di Paliano.
Dopo l'unità d'Italia due Colonna, Fabrizio e Prospero, furono senatori del regno.