Nato a Viterbo nel 1469 da una famiglia originaria di Canino, Egidio Antonini iniziò nel 1488 il noviziato nell'Ordine degli Agostiniani.
Nel 1490 si trasferì a Padova per studiare teologia, seguì le lezioni di Agostino Nifò e conobbe Giovanni Pico della Mirandola. A Padova curò nel 1493 l'edizione di tre testi di Egidio Romano contro la filosofia di Averroè.
Nei due anni successivi si dedicò allo studio di Platone la cui filosofia egli considerava in armonia con la religione cristiana al contraro dell'aristotelica.
Tornato a Roma, nel 1497 ottenne la laure in teologia. In quel periodo, durante il pontificato di Alessandro VI, Egidio visse, insegnò e predicò alternando Firenze e Roma e divenendo nel 1498 coadiutore di Mariano da Gennazzano, fiero avversario del Savonarola.
Trascorse quindi un periodo in Campania per visitare i conventi del Napoletano e svolgere incarichi diplomatici per conto del papa. Si trattenne fino al 1501 a Napoli dove divenne celebre come predicatore e conquistò la stima del Pontano e di Jacopo Sannazzaro.
Richiamato a Roma e non volendo essere coinvolto nelle vicende politiche fra Chiesa e Regno di Napoli, Egidio si stabilì nel convento di San Salvatore di Lecceto presso Siena, dedicandosi a una vita ascetica senza tralasciare la predicazione in molte città italiane che lo portò ad essere nomminato predicatore apostolico da Giulio II.
Nel 1506 Giulio II gli affidò la direzione degli Agostiniani e lo nominò vicario apostolico. Con questo titolo Egidio partecipò alle iniziative del papa per riprendere Perugia, Bologna e altre città della Romagna che Cesare Borgia aveva sottratto alla Chiesa.
Riformò l'Ordine ripristinando l'osservanza della regola di S. Agostino.
Il 3 maggio 1512 gli fu concesso l'onore di pronunciare l'orazione di apertura del quinto concilio lateranense.
Nel febbraio 1513 morì Giulio II e Egidio ottenne rapidamente la stima e l'amicizia di Giovanni de'Medici eletto papa come Leone X che gli affidò importanti missioni diplomatiche in Germania.
Nel 1517 il cardinale Alfonso Petrucci fu giustiziato per aver complottato contro il papa mentre un altro congiurato, Raffaele Riario protettore dell'Ordine agostiniano, veniva incarcerato e poi rilasciato dietro riscatto. Alla morte del Riario il protettore dell'Ordine divenne Egidio che poco dopo fu nominato cardinale.
Egidio coadiuvò Leone X nel progetto di organizzare resistenze a livello europeo contro la minaccia dei Turchi e a questo fine fu ambasciatore presso i regnanti di Spagna e il doge di Venezia Leonardo Loredan.
Anche Adriano VI, successore di Leone X, ebbe ottimi rapporti con Egidio e così Clemente VII, salito al soglio nel 1523, che nominò Egidio vescovo di Viterbo e poi patriarca di Costantinopoli.
Nel 1527, dopo il sacco di Roma, Egidio tentò ogni mezzo per liberare il papa prigioniero in Castel Sant'Angelo arrivando ad assoldare a proprie spese un'armata ma l'iniziativa naufragò e quando anche Viterbo fu conquistata Egidio si recò a Padova.
Tornò a Roma con il reinsediamento del pontefice e rinunciò al patriarcato di Costantinopoli mentre Venezia lo rifiutava come legato apostolico perché non gradito ai Turchi con i quali la Serenissima stava intavolando rapporti commerciali.
Egidio, che oltre al greco e al latino conosceva l'arabo, l'ebraico, il siriaco e l'aramaico, dedicò gli ultimi anni della vita allo studio delle dottrine cabalistiche.
Morì a Roma nel 1532 e fu sepolto nella chiesa di S. Agostino.