La Pinacoteca Nazionale di Bologna si trova in Via delle Belle Arti 56.
L'edificio fu costruito nel XVII secolo su progetto di Francesco Martini come noviziato gesuita di Sant'Ignazio e oltre alla Pinacoteca ospita l'Accademia di Belle Arti e la Soprintendenza per il Patrimonio Storico Artistico e Etnoantropologico di Bologna.
La Pinacoteca dispone di trenta sale espositive oltre ad uno spazio destinato alle mostre temporanee.
Nel XVIII secolo l'Accademia Clementina aveva raccolto una collezione di opere che costituirono un primo nucleo della dotazione della Pinacoteca alla quale si aggiunse nel 1762 un gruppo di dipinti cinquecenteschi donati da monsignor Francesco Zambeccari e alcuni anni dopo un secondo dono del marchese Giacomo Zambeccari.
Dal 1796 con l'arrivo delle truppe napoleoniche molti edifici religiosi cittadini vennero soppressi e benchè le opere fossero custodite dagli accademici clementini una parte di esse fu trasferita a Parigi o a Milano.
Nel 1804 l'Accademia Clementina soppressa dal governo francese divenne Accademia delle Belle Arti e si trasferì nella sede attuale.
Nel 1816 la Pinacoteca recuperò parte delle opere requisite grazie alla mediazione di Antonio Canova.
Ristrutturana ed attrezzata la Pinacoteca venne aperta al pubblico nel 1885. Nei decenni successivi fu più volte riorganizzata ed arricchita, importanti lavori iniziati nel 1988 hanno portato all'ampliamento delle aree espositive.

Elenco (parziale) delle opere custodite nella pinacoteca per autore

Francesco Albani
- Madonna col Bambino e Sante

Anonimo del XIII secolo
- Crocifisso

Amico Aspertini
- Adorazione dei Magi
- Pala del Tirocinio

Bagnacavallo
- Matrimonio mistico di Santa Caterina

Vittorio Maria Bigari
- Adorazione dei Magi
- Battesimo di Cristo
- Nozze di Cana

Giovanni Antonio Burrini
- S. Agnese, Susanna e i vecchioni
- Erminia fra i pastori

Denijs Calvaert
- Flagellazione
- Noli Me Tangere

Simone Cantarini
- Immacolata e Santi
- Ritratto di Reni
- Ss. Giuseppe e Domenico
- Ss. Antonio da Padova e Francesco di Paola

Domenico Maria Canuti
- Morte di San Benedetto

Agostino Carracci
- Comunione di San Girolamo
- Assunzione della Vergine

Annibale Carracci
- Angelo Annunciante
- Vergine Annunciata
- Madonna di San Ludovico
- Assunzione della Vergine
- San Francesco che adora il Crocifisso
- Cristo deriso
- Toeletta di Venere

Ludovico Carracci
- Annunciazione
- Annunciazione
- Conversione di Saulo
- Caduta di San Paolo
- La famiglia Tacconi
- Incontro dei santi Francesco, Domenico e Angelo
- Madonna Bargellini
- Madonna col Bambino e San Domenico
- Madonna col Bambino fra i santi Girolamo e Francesco
- Madonna del Rosario
- Madonna degli Scalzi
- Martirio di Sant'Orsola
- La Piscina probatica
- Predica di San Giovanni nel deserto
- Martirio di San Pietro Toma
- Nascita del Battista
- Trasfigurazione di Cristo
- Flagellazione di Cristo
- Coronazione di spine
- Vocazione di Matteo

Giacomo Cavedoni
- Pala si Sant'Alò

Bartolomeo Cesi
- Vergine in gloria tra santi
- L'Immacolata appare a Sant'Anna

Cima da Conegliano
- Madonna col Bambino

Carlo Cignani
- Madonna col Bambino e Santi

Francesco del Cossa
- Pala dei Mercanti

Lorenzo Costa
- Madonna col Bambino e Santi - 1491
- Madonna col Bambino e Santi - 1496
- San Petronio fra i Ss. Francesco e Domenico - 1502
- Sposalizio della Vergine - 1505

Giuseppe Maria Crespi
- Amorini dormienti
- Scene di cortile
- Famiglia di Zanobio Trani
- Ragazza con una rosa e un gatto
- Gentiluomo in veste di cacciatore
- San Giovanni Napomuceno
- Strage degli innocenti
- Cristo deriso

Donato Creti
- Achille tuffato nello Stige
- Visitazione
- Paesaggio con figure

Domenichino
- Uccisione dei San Pietro Martire
- Martirio di Sant'Agnese

Pietro Faccini
- Annunciazione

Lavinia Fontana
- Ritratto della famiglia Gozzadini
- Neonato nella culla

Prospero Fontana
- Adorazione dei Magi
- Deposizione nel Sepolcro

Marcantonio Franceschini
- Quattro stagioni
- Allegoria della Fama
- Morte di Abele

Francesco Francia
- Pala Felicini
- Pala Bentivoglio
- Pala Manzuoli
- Pala Scappi
- Vergine Annunciata e Santi

Gaetano Gandolfi
- Nozze di Cana - 1775
- Ritratto di Giovinetta
- Diana sul carro
- Coriolano con la madre
- Continenza di Scipione

Mauro Gandolfi
- Scena di commiato
- Autoritratto

Ubaldo Gandolfi
- Risurrezione
- Ritratto del Marchese Casali

Garofalo
- Sacra Famiglia

Giovanni Francesco Gessi
- Miracolo di San Bonaventura

Giotto
- Madonna col Bambino - polittico 1333

Girolamo da Cotignola
- Madonna col Bambino e Santi

Guercino
- San Sebastiano curato da Irene
- Vestizione di San Guglielmo
- San Pietro Martire
- Madonna col Bambino

Innocenzo da Imola
- Madonna col Bambino, santi e devoti
- Madonna col Bambino e santi

Jacopino di Francesco (pseudo)
- San Giacomo alla Battaglia di Clavijo (affresco trasportato su tela)

Jacopo di Paolo
- Crocifissione

Giovanni da Modena
- Crocifissione

Giuseppe Marchesi
- Quattro stagioni
- Giuditta e Oloferne

Lippo di Dalmasio
- Incoronazione della Vergine
- Madonna dell'Umiltà

Marco Zoppo
- San Girolamo penitente

Massolino
- Adorazione dei pastori

Mastelletta
- Elemosina di una Santa
- Apparizione della Madonna
- Cristo servito dagli Angeli

Niccolò dell'Abate
- Storie dell'Orlando Furioso

Ortolano
- Madonna col Bambino e angeli musicanti

Parmigianino
- Madonna col Bambino e santi

Lorenzo Pasinelli
- Svenimento di Giulia
- Miracolo di Sant'Antonio da Padova
- Miracolo di S. Orsola
- Adorazione dei pastori

Bartolomeo Passarotti
- Risurrezione di Cristo
- Presentazione di Maria al Tempio
- San Francesco in estasi

Perugino
- Madonna in gloria e santi

Niccolò Pisano
- Compianto di Cristo

Biagio Pupini
- Adorazione del Bambino

Raffaello Sanzio
- Estasi di Santa Cecilia

Rinaldo di Ranuccio
- Crocifisso

Guido Reni
- Incoronazione della Vergine
- Strage degli Innocenti
- Sansone vittorioso
- Pietà dei mendicanti
- Crocifissione
- Pala della Peste
- Sant'Andrea Corsini
- Ritratto della madre
- San Sebastiano
- Flagellazione

Ercole de' Roberti
- Madonna piangente

Lorenzo Sabbadini
- Gesù morto

Orazio Samacchini
- Incoronazione della Vergine e santi

Giovan Andrea Sirami
- Presentazione della Vergine al Tempio

Simone dei Crocifissi
- Incoronazione di Maria - Polittico
- Sant'Elena che adora la Croce
- Madonna col Bambino, angeli e un committente
- Incoronazione di Maria - Polittico
- Episodi della vita di Maria - Predella

Gian Gioseffo dal Sole
- Maddalena penitente

Alessandro Tiarini
- Funerali della Vergine
- Deposizione di Cristo nel Sepolcro
- Annunciazione

Pellegrino Tibaldi
- Sibille

Felice Torelli
- Bacio di Giuda

Giorgio Vasari
- Cena di San Giorgio

Vitale da Bologna
- Ultima cena (frammento di affresco )
- San Giorgio e il Drago
- Presepe (affresco staccato)
- Storie di S. Antonio Abate (tavolette)
- Cristo morto tra Santi
- Risurrezione di Cristo (affresco staccato)

Antonio Vivarini
- Cristo su sarcofago

Francesco Zagarelli
- Deposizione di Cristo



Opere nei locali adibiti all'Accademia delle Belle Arti

Giacomo Pavia
- Estasi di Sant0Ignazio

Felice Torelli
- Ss. Luigi Gonzaga e Stanislao Kostka

Marcantonio Franceschini
- Allegoria della Fama